May mắn hơn số phận bi thảm của người bạn Bùi Quang Chiêu, Nguyễn Phan Long không bị Việt Minh thủ tiêu khi Việt Minh nắm quyền tại miền Nam. Tuy nhiên, sự thất bại của đảng Lập Hiến cũng làm cho ông dần hiểu rõ hơn về bộ mặt thật của chính quyền thuộc địa. Sau khi Pháp tái chiếm Nam Bộ năm 1945, ông tiếp nhận và cải tổ lại tờ L’Echo annamite thành tờ L’Echo du Vietnam (Tiếng vọng Việt Nam), chủ trương chống ly khai. Chính vì xu hướng mới này, ông từng bị các nhân vật phân ly trong chính phủ Nam Kì tự trị kỳ thị, trấn áp một thời gian.

Tuy nhiên, cuối cùng thì "Giải pháp Bảo Đại" cũng ra đời, về danh nghĩa thống nhất một nước Việt Nam với Quốc trưởng Bảo Đại. Ngày 1 tháng 7 năm 1949, Chính phủ Bảo Đại được thành lập, trong đó Quốc trưởng Bảo Đại kiêm nhiệm Thủ tướng của Quốc gia Việt Nam, Trung tướng Nguyễn Văn Xuân làm Phó thủ tướng kiêm Tổng trưởng Quốc phòng. Nguyễn Phan Long được bổ nhiệm làm Tổng trưởng Ngoại giao[4]. Ngày 21 tháng 1 năm 1950, Quốc trưởng Bảo Đại chỉ định Nguyễn Phan Long làm Thủ tướng kiêm Tổng trưởng Nội vụ của Quốc gia Việt Nam[5]. Tuy nhiên, chỉ 3 tháng sau, ngày 27 tháng 4 năm 1950, ông phải từ chức[6] dưới áp lực của Phủ Cao ủy Pháp vì cho rằng ông có quá nhiều tư tưởng Quốc gia độc lập và tỏ ra thân Mỹ.[7].

Sau khi từ chức, ông tiếp tục trở lại sống bằng nghề dạy học và viết báo. Từ đó, ông sống thầm lặng trong cảnh nghèo "xơ xác", rồi qua đời tại nhà riêng ở Sài Gòn ngày 16 tháng 7 năm 1960, thọ 71 tuổi [8].